حقق ليونيل ميسي بثبات وبهدوء موسم تاريخي آخر وعاد النجم الأرجنتيني ليستعرض في منتخبه كما في فريقه برشلونة قوته الإنفجارية وحسه التهديفي وقدرته على قيادة الفريق التي جعلت منه لاعباً استثنائياً يثير الإعجاب حتى في عام 2013 الذي واجه فيه العديد من الإصابات. لم يكن من المفاجئ إذن أن يختار اللاعبون والمدربون مرة أخرى "البرغوث" الأرجنتيني ضمن الثلاثي الذي سيتنافس على الظفر بكرة FIFA الذهبية، وهو ما يضعه أمام إمكانية الفوز بهذه الجائزة للمرة الخامسة على التوالي. يستحضر موقع FIFA.com أفضل ثلاث لحظات عاشها ميسي في هذه السنة. سيلتا فيغو ضد برشلونة، 30 مارس/آذار 2013، الدوري الأسباني سجل ميسي في الدقيقة 71 الهدف الثاني لفريقه (2-1) ليحقق رقم قياسي جديد: هز شباك جميع المنافسين في النصف الأول من الدوري. خلال هذه الرحلة التهديفية التي بدأت يوم 11 نوفمبر/تشرين الثاني 2012 ضد مايوركا سجل ميسي 30 هدفاً في 19 مباراة. حيث سجل "البرغوث" الأرجنتيني أربعة أهداف على أوساسونا وهدفين على كل من سرقسطة ومايوركا وليفانتي وأتلتيك بيلباو وريال بيتيس وأتلتيكو مدريد وغرناطة ورايو فاليكانو وهدف واحد في شباك كل من بلد الوليد وإسبانيول وملقة وريال سوسيداد وفالنسيا وخيتافي وأشبيلية وريال مدريد وديبورتيفو وسيلتا فيجو. وصرّح ميسي بتواضع عقب المباراة التي انتهت بالتعادل (2-2) ولكنها لم توقف قطار برشلونة المتوجه نحو التتويج بلقب الدوري قائلاً "لا أكترث كثيراً لمثل هذه الأمور، المهم هو مواصلة حصد الثلاث نقاط." باراغواي ضد الأرجنتين، 10 سبتمبر/أيلول 2013، التصفيات المؤهلة إلى البرازيل 2014 في إطار تصفيات أمريكا الجنوبية المؤهلة لنهائيات كأس العالم البرازيل 2014 FIFA، ساهم النجم الأرجنتيني بتسجيل هدفين وإعطاء تمريرة حاسمة في فوز منتخبه (5-2) على باراجواي في أسونسيون، وهو ما ضمن تأهل الأرجنتين إلى النهائيات قبل جولتين من انتهاء التصفيات. وأصبح قائد المنتخب الأرجنتيني بفضل الهدفين اللذين سجلهما على باراغواي ثاني أفضل هداف في تاريخ المنتخب برصيد 37 هدفاً بعد أن فك الشراكة مع هيرنان كريسبو. وأكد ميسي الذي احتل في نهاية المطاف المركز الثاني في قائمة أفضل الهدافين في التصفيات وراء الأوروغواياني لويس سواريز قائلاً "واجهنا اختبارات مهمة واجتزناها بنجاح أمام منتخبات قوية. نسير اليوم في الطريق الصحيح، ولكن أمامنا طريق شاقة وطويلة لنتوّج أبطالاً للعالم." برشلونة، 20 نوفمبر/تشرين الثاني 2013، جائزة أخرى تنضاف إلى خزائنه تلقى ميسي المصاب والذي لن يعود إلى الملاعب حتى عام 2014 جائزة الحذاء الذهبي للمرة الثالثة وهو أمر غير مسبوق حيث نصّبته هذه الجائزة كأفضل هداف في البطولات الأوروبية خلال موسم 2012-2013. وساهم "البرغوث" الأرجنتيني بـ46 هدفاً في 32 مباراة في فوز برشلونة بلقب الدوري الذي دخل تاريخ النادي تحت اسم "دوري الـ 100 نقطة." بعد فوزه بهذه الجائزة للمرة الثالثة في مسيرته، فكّ ميسي الشراكة مع كل من الألماني جيرد مولر والبرتغاليين أوزيبيو وفيرناندو جوميز وكريستيانو رونالدو والروماني دودو جورجيسكو والإسكتلندي ألي ماكويست والفرنسي تييري هنري اللذين كانوا قد فازوا بهذه الجائزة في مناسبتين. واعترف ميسي وسط تصفيقات وتشجيعات كارليس بويول وتشافي هيرنانديز وجيرارد بيكيه وسيسك فابريغاس والعديد من زملائه قائلاً "إنه تقدير جميل أهديه للمجموعة بأكملها، بدونهم لم أكن لأحقق شيئاً مما حققته."